По расчётам современных учёных, влияние антропогенных факторов на снижение уровня Арала превысило 70%. Резкое сокращение началось в связи с развитием сельского хозяйства в Приаралье, в первую очередь — интенсивным выращиванием хлопка на орошаемых полях. Для полива плантаций к 1960-м годам был разобран весь сток питающих Аральское море рек Амударьи и Сырдарьи, устроенные многочисленные водохранилища и каналы нарушили баланс между поступлением воды и испарением.
В 1985—1986 годах уровень моря снизился с 53 до 41 м, пересох пролив Берга, Арал распался на два независимых водоёма — Большой и Малый. К 2002 году уровень упал ещё на 10 м, в 2006 году от Большого Арала отделилась глубоководная часть — бывший залив Тще-Бас. С 1960-го к 2009 году площадь Аральского моря сократилась с 67499 км? до 6700 км?.
При условии полного прекращения забора воды из стоков Амударьи и Сырдарьи для восстановления прежнего уровня моря потребовалось бы свыше 100 лет.