В 1827-1928 гг. по происхождению главного кратера Каали были высказаны различные предположения и гипотезы, которые можно разделить на следующие группы:
1. Взрывное происхождение кратера вследствие вулканических процессов или выделения газов и водяного пара.
2. Карстовое происхождение или возникновение кратера вследствие тектонических подвижек.
3. Вокруг карстового озерка существовало городище, а само оно использовалось в качестве природного колодца для первобытного населения.
4. Метеоритное происхождение.
Последняя концепция была убедительно доказана горным инже нером И. Рейнвальдом в 1937 г. когда он нашел в кратерах 2 и 5 более 30 осколков железного метеорита, содержащего 91,5% Fе и 8,3% Ni. В этих осколках были найдены и типичные для метеоритов минералы - шрейберзит, тэнит и камассит. Метеорит Каали отно- сится к классу крупноструктурного октаэдрита.
С 1955 по 1980 гr. исследовательские работы проводились под руководством А. Аалоэ. В течение этого периода были выяснены особенности геологического строения кратеров, обнаружены конусы удара в коренных породах, открыт мелкий кратер 7, уточнены возраст и направление падения метеорита. Были начаты также работы по изучению распыленного вещества метеорита Каали как в поле кратеров, так и за его пределами.
Девять обнаруженных метеоритных кратеров Каали расположены на площади около кв.км., на дне главного кратера находится природный водоем - озеро Каали. Диаметер главного кратера на гребне вала составляет 105..110 м. Средняя глубина кратера с уровня гребня вала до слоя взвешенного сапропеля 16 м, до дна кратера около 22 м. Верхняя часть вала состоит из выброшенного из кратера насыпного материала, а нижняя — из сдвинутых блоков доломита которые имеют наклон 25°..90° сторону периметра структуры. Остальные кратеры представлены мелкими чашеобразными впадинами, по краям которых в большинстве случаев прослеживаются сильно сглаженные участки окружного вала. Диаметер мелких кратеров 12 - 40 м и глубина 1- 4 м. На дне кратеров 4 и 5 обнаружены следы соударения метеорита. Мелькие (0,5 - 2 г) осколки покрыты слоем окисленного железа. Метеоритные осколки сохранились только в небольших кратерах. Более крупные частицы попадаются редко. Самый крупный осколок, весом около 30 г, найден в кратере 5. Метеоритные кратеры образовались в двухслойной мишени. В ее верхней части находится обогащенная карбонатными гальками глинистая морена последнего оледенения, в нижней - плотные микрослоистые известняки и доломиты паадлаского горизонта верхнего силура. Исходя из предполагаемого угла падения метеорита (около 45°), исследователи рассчитали следующие основные параметры его падения: начальная масса метеорита 400..10 000 т, масса при столкновении с поверхностью Земли - 20..80 т, начальная скорость вхождения в атмосферу 15..45 км/с, конечная скорость 10..20 км/с. Обломки метеорита, сформировавшие мелкие кратеры, отделились от главной массы на высоте около 5..10 км и их суммарная масса не превышала 18..20% общей массы метеорита.
О возрасте кратеров Каали высказаны различные предполжения. Учитывая отсутствие отложений Балтийского моря в кратере и в пределах вала, естественно преположить, что метеорит упал уже после отступания моря. Палинологические анализы и радиоуглеродные датирования указывают на возраст свыше 4000 лет.
В 70-е годы возник интерес и у историков. Причиной тому оказались первые археологические находки в восточной части вала главного кратера. Большое внимание уделено вопросам организации защиты Каалиских кратеров. В 1959 году был создан геологический заповедник Каалиских метеоритных кратеров. В 1984 году был открыт памятник ведущим исследователям кратеров Каали - И. Рейнвальду и А. Аалоэ.
Рядом с кратером есть музей, посвящённый как метеоритам, так и геологии острова в целом. В музее храняться кусочки разных метеоритов, в том числе самого метеорита Каали.