Во время этого испытания, бомба была подвешена к днищу десантного корабля USS LSM-60, поставленного на якорь в середине флота-мишени. Заряд взорвался в 27 м под водой, глубина в точке взрыва составляла 54 м. Ни одной уверенно идентифицированной части LSM-60 вначале не было обнаружено: ударные волны с потоками воды разрушили его на части, которые затем разлетелись, упали в воду, а поднявшийся после взрыва ил осел и засыпал дно на площади поперечником более 1.6 км слоем толщиной до 3 м. Затонуло десять кораблей, в том числе немецкий тяжёлый крейсер Принц Ойген, который затонул в декабре, через пять месяцев после испытаний, в связи с тем, что высокий радиоактивный фон препятствовал ремонту корпуса.
Фотографии «Бэйкер» значительно отличаются от фотографий других ядерных взрывов. Ослепительная вспышка, которая обычно засвечивает зону взрыва, на этот раз была под водой и поэтому была едва видна. Чёткое изображение кораблей на переднем и на заднем планах даёт представление о масштабе. Большое облако Вильсона и вертикальный столб воды отличают взрыв «Бэйкер», в связи с чем фотографии легко идентифицируются.
Как и при испытаниях «Эйбл», корабли, оставшиеся на плаву в результате взрыва в радиусе 914.4 м от его центра были серьёзно повреждены, но в этот раз источник повреждений был снизу, и это было давление воды, а не давление воздуха. Самым большим различием в этих взрывах, тем не менее, стало радиоактивное заражение всех кораблей-мишеней при «Бэйкер». Несмотря на степень повреждений, только девять кораблей-мишеней испытаний «Бэйкер» были окончательно дезактивированы и проданы на слом. Остальные были затоплены в океане после того, как мероприятия по обеззараживанию потерпели неудачу.
Взрыв «Бэйкер» породил так много неожиданных явлений, что через два месяца после испытаний была созвана конференция для стандартизации номенклатуры и определения новых терминов для использования в описаниях и исследованиях.
Подводный огненный шар принял форму стремительно расширяющегося горячего «газового пузыря», который выстрелил из воды, образовав сверхзвуковую гидравлическую ударную волну, которая разрушила корпусы близлежащих кораблей. В конечном счёте она замедлилась до скорости звука в воде, которая составляет примерно 1.85 км/сек., в пять раз быстрее скорости звука в воздухе. На поверхности ударная волна была видна как передний край быстро расширяющегося круга в тёмной воде, получившего название «плёнка» (англ. slick) за его похожесть на нефтяную плёнку. Находящееся за плёнкой визуально более заметное, но на самом деле менее разрушительное побеление воды на небольшой глубине получило название «треск» (англ. crack).
Со времени взрыва прошло только четыре миллисекунды, а на поверхности начал появляться брызговой купол, образованный ударной волной. Ещё через несколько миллисекунд диаметр газового пузыря стал равен глубине в месте взрыва, 54 м, он достиг поверхности воды и морского дна одновременно. На дне он начал создавать неглубокий кратер, примерно 9 м в глубину и 610 м в диаметре. Наверху он выстрелил из воды над собой «брызговым куполом», который взлетел над поверхностью как гейзер.
Во время первой секунды взрыва расширяющийся пузырь подхватил из воды всё в радиусе 152 м и поднял вверх два миллиона тонн брызг и морского песка. Пузырь поднимался вверх со скоростью 762 м/сек, он поднял купол брызг в виде цилиндра или печной трубы, получивший название «колонна» (англ. column), высотой 1829 м, диаметром 610 м и с толщиной стенок 91 м.
Сразу после того, как пузырь достиг поверхности воды, он породил сверхзвуковую атмосферную ударную волну, которая, как и «треск», была более визуально страшно выглядящей, чем разрушительной. Визуально воздушная ударная волна давала о себе знать во-первых расширением белого диска на поверхности воды (взбивание пены). Во-вторых, понижение давления сразу за ударной волной стало причиной мгновенного возникновения тумана, который окутал поднимающуюся колонну и скрыл её на две секунды. Этот туман имеет два названия: «конденсационное облако» и «облако Вильсона». Облако сначала приняло форму полусферы, затем превратилось в диск, который поднимался от воды вместе с колонной брызг, его форма стала напоминать пончик и оно исчезло. При взрыве Эйбл также образовалось облако Вильсона, но температурой огненного шара его высушило намного быстрее.
К моменту, когда облако Вильсона рассеялось, облако над колонной стало похоже на цветную капусту и все брызги в колонне и облако начали падать вниз, обратно в лагуну. Несмотря на то, что облако сохраняло форму, цветная капуста была больше похожа на вершину гейзера, где вода останавливается, прежде чем упасть вниз. Это не был ядерный гриб; ничего не поднималось в стратосферу.
Тем временем вода в лагуне начала двигаться обратно в освободившееся пространство, где до этого находился газовый пузырь, что привело к образованию цунами, которая поднимала корабли, проходя под ними. На 11-й секунде после взрыва первая волна дошла до точки 305 м от центра взрыва на поверхности и имела высоту 28.7 м. К моменту, когда она дошла до берега атолла Бикини, до которого было 6 км, она достигала 5 м в высоту, выбросив десантные корабли на берег и засыпав их песком.
Через 12 секунд после взрыва падающая вода колонны начала образовывать «базисную волну» 274-метровой высоты, напоминающую туман внизу большого водопада. В отличие от обычной волны, базисная волна перехлестнула корабли сверху. Из всех эффектов взрыва бомбы базисная волна имела наибольшие последствия для большинства кораблей-мишеней, так как привела к их радиоактивному загрязнению, от которого они не могли очиститься.
«Бэйкер» стал вторым ядерным взрывом, произошедшим близко к поверхности, что привело к загрязнению радиоактивными продуктами деления окружающей среды. «Самоочищение» не произошло. В результате радиационная экология лагуны и кораблей-мишеней нарушились. Масштаб возникших проблем оказался гораздо больше, чем ожидалось до испытаний.
При взрыве «Бэйкер» образовалось около полутора килограммов продуктов деления. Эти продукты полностью смешались с двумя миллионами тонн брызг и морского песка, которые поднялись колонной в воздух и образовали голову «цветной капусты», а затем упали обратно в лагуну. Бо?льшая его часть осталась в лагуне и осела на дно или была вынесена в океан внутренними приливно-отливными и ветровыми течениями.