Химический состав планет и их происхождение отличаются от состава комет. Но состав Плутона очень похож на комету Чурюмова-Герасименко, особенно лёд. Он состоит из азота. На Плутоне так холодно, что газ, составляющий 80% воздуха на Земле, существует в твёрдой фазе.
Азотный лёд составляет около 98% массы карликовой планеты. Есть предположения, что он образовался от падения на него богатых азотом комет. Но также есть ещё одна теория: под поверхностью просто образовался океан, и вода повлияла на состав карликовой планеты.
Ученные до сих пор гадают, какая из теорий правильная: кометная (Плутон образовался от падения комет) или аккреционная модель (он сформировался как все обычные планеты).