Онежское озеро второе по величине в Европе после Ладожского и четвертое в Евразии после Каспийского, Байкала и Ладожского. В него впадает 1 150 рек. Его воды омывают 1 650 островов. Максимальная глубина озера 130 метров.По качеству воды оно сравнимо с Байкалом.
На севере и на юге озера берега не одинаковые. В южной половине они низкие, очень часто заболоченные. В северной части берега высокие, они изрезаны заливами и фиордами и покрыты густыми лесами.
Котловина Онежского озера образовалась в результате деятельности ледника в месте провалов земной коры.
Самый крупный полуостров на озере – Заонежье. Этот район включен в список наследия ЮНЕСКО, как уникальная территория, единственная во всей Европе. К музею – заповеднику Кижи относиться особо охраняемая часть озера - кижские шхеры. Они представляют собой лабиринт из многочисленных островов разнообразной формы и размеров. Некоторые покрыты высокотравными лугами, другие густыми лесами, на третьих встречаются внутренние озера или болота.
На острове Большой Климецкий или Большой Клименецкий (крупнейший остров Онежского озера, находится в границах Кижского зоологического заказника) расположились озера и болота, которые являются местом остановки лебедей и гусей при перелетах. Здесь же гнездятся журавли и встречается много насекомоядных растений.
Остров Волкостров расположен в километре от острова Кижи. В основном это скалы, в которых находятся залежи аметистов. В центре острова травяное болото с редким растительным покровом.
Олений остров находится к востоку от острова Кижи в 12 километрах, он представляет собой археологический и палеонтологический памятник. На этом острове сохранились известковые залежи, образованные остатками губок, мхов, кораллов и сине – зеленых водорослей возрастом более 2-х миллиардов лет. Кроме того, здесь был обнаружен могильник древнего человека.
Скопления островов в сочетании с заливами и фиордами называются Онежскими или Кижскими шхерами.
Перечислять и описывать все Кижские шхеры невозможно, но сказать надо главное, что это уникальное природное явление невероятной красоты.