Пустыня знаменита самыми высокими неподвижными дюнами на Земле, они достигают 500 м. Несмотря на ветреный сухой климат, дюны удерживают на месте талые грунтовые воды, берущие начало за сотни километров. Также на территории пустыни расположено более 100 озер, которые питают родники. Они располагаются в низинах между дюнами, некоторые из них пресные, другие же — крайне соленые. Именно этим озерам пустыня обязана своим названием: Бадын-Джаран по-монгольски — «таинственные озера».