В горах Южной Сибири находятся истоки всех крупнейших сибирских рек: Енисея, Оби (Бия и Катунь), Лены, Витима, Амура (Шилка и Аргунь)
Большинство из них имеет горный характер, они выработали узкие, глубокие долины с живописными крутыми склонами. Горные реки Сибири богаты гидроэнергией и представляют большой интерес для спортсменов и туристов.
Во многих горах Сибири располагаются озёра, заполняющие глубокие тектонические котловины. Наиболее крупные и красивые из них - Байкал и Телецкое.