По преданию, Гераклион был основан Александром Македонским в 331 году до н.э. Это был богатый город, утративший свое влияние после возведения Александрии. Этот важный для Египта порт был известен среди греков, как Гераклион, а среди древних египтян, как Тонис. Именно в Гераклионе была коронована царица Клеопатра. Древние тексты повествуют о пышных празднествах, привлекающих в Гераклион египетскую знать. Удачное расположение Гераклиона позволяло ему вести торговлю с купцами всего мира. За счёт этого город процветал и богател. Древнегреческий историк и географ Страбон описал жизнь горожан Гераклиона как праздную. В центре Гераклиона возвышался храм, который был описан древнегреческим историком Геродотом, посетившим эллинистический Египет в 450-м году до н.э. Геродот писал, что храм был построен на том месте, где знаменитый герой греческих мифов Геракл впервые ступил на землю Египта. Гераклион славился также храмами в честь других египетских и греческих богов: Сераписа — бога плодородия и врачевания, Исиды — богини женственности и материнства, Анубиса — покровителя мертвых.
Современным ученым об Гераклионе мало что известно, многие века считали, что такого города вообще не существовало, ведь единственными сохранившимися упоминаниями о нем были тексты древнегреческих авторов. Сегодня этот город лежит на морском дне залива Абукир, на 50-метровой глубине.
Гераклион был обнаружен одним из самых знаменитых археологов подводного мира Франком Годдио в 2000 – 2001 годах. Совместно с археологами Франции, Америки и Египта, Франком Годдио были проведены подводные археологические раскопки, обследовано около 500 кв. км площади. Шесть лет провели археологи, исследуя воды бухты Абукир. И лишь летом 2012 года Франк Годдио объявил, что он обнаружил останки города, которые, по его мнению, относятся к Гераклиону, им была найдена черная гранитная плита, на которой было высечено «Гераклион». Так было подтверждено реальное существование древнего города Гераклиона, считавшегося до сих пор мифическим.
Двухметровая черная гранитная стела оказалась почти полной копией стелы, находящейся в Каирском египетском музее. На стеле высечен текст указа фараона Нектанеба I — основателя XXX династии, согласно которому вводился 10-процентный налог на греческих ремесленников и товары в Гераклионе для строительства храма богине охоты и войны Нейт. Текст заканчивается словами: «И сказал его Величество: «Пусть это будет высечено на стеле, воздвигнутой в Нократже, на берегу канала Ану». Надпись на стеле, найденной в бухте Абукир, отличается лишь последним предложением, в котором говорится: «И сказал его Величество: «Пусть это будет высечено на стеле, установленной на входе в греческое море в Гераклионе-Тонисе». Это первое доказательство того, что обнаруженный подводными археологами город является полумифическим Гераклионом.
Город Гераклион лежит на дне моря под слоем песка в течение многих столетий. Все артефакты прекрасно сохранились, несмотря на пребывание под водой в течение двух тысяч лет. Находки в Гераклионе потрясли археологов. Среди находок: золотые серьги, браслеты, шпильки, кольца, гребни, греческий кубок, курительница, сотни монет, гранитные колонны королевского дворца с египетскими и греческими надписями, сфинксы, статуя богини Исиды, 700 якорей, более 300 статуэток. На расстоянии 6 км от береговой линии Египта группа Франко Годдио нашла место, где располагалась гавань Гераклиона, в которой сейчас находятся обломки 64 египетских кораблей.
Подводный пейзаж города воссоздает картину того, как выглядел Гераклион в эпоху своего наивысшего развития, о чем также можно судить по останкам грандиозного храма, посвященному богу Амону. По утверждениям Франко Годдио, в этих водах продолжает скрываться бесконечное число артефактов, на изучение которых уйдет как минимум 200 лет.
Остатки толстых каменных стен указывают на границу территории Гераклиона. Рядом с разрушенными стенами археологи обнаружили три пятиметровые египетские статуи из розового гранита, которые предположительно были разрушены в результате землетрясения.
По мнению египтологов, статуя царица с короной и коброй на лбу, возможно, изображает Беренику II – вторую жену Птолемея III – Эвергета — могущественного правителя Египта эллинистической династии. Статуя царя стилистически может быть портретом Птолемея VIII (прадедушки царицы Клеопатры VII Великой). Третья статуя — Хапи — египетского бога разлива Нила и покровителя урожая.
С именем царицы Береники связана древняя египетская легенда о происхождении названия созвездия «Волосы Вероники». Согласно легенде, Береника отрезала свои прекрасные волосы и поместила их в храме в благодарность Богине за победу её мужа — Птолемея III над сирийцами. На следующий день жрец-астроном сообщил царской чете, что жертва была принята, и он наблюдал ночью новое созвездие в виде женских кос.
Научные споры о причинах гибели Гераклиона продолжаются до сих пор. Археологи и геологи ищут ответ на вопрос: почему город Гераклион оказался на дне моря? Возможно, причиной тому было подводное землетрясение, которое сотрясло побережье Крита утром 21 июля 365 года н. э.? Магнитуда землетрясения по нынешней классификации составляла 8,5 баллов. Вскоре за ним последовали цунами, которые разрушили многие области восточного средиземноморского побережья, в частности центральную и южную Грецию, северную Ливию, Египет, Кипр и Сицилию. На Крите были разрушены почти все города и поселения. В результате землетрясения, весь Крит поднялся на 9 метров, а уровень моря — на 7,5 метров. Цунами, вызванное землетрясением, имело далеко идущие последствия для Ливии, дельты Нила и Александрии, и в некоторых сообщениях утверждалось, что корабли выбрасывало на землю на 3 километра. Источником катастрофы стала Эллинская впадина. Возможно, цунами, вызванные землетрясениями, на два тысячелетия скрыли руины города Гераклиона, лежащего в бухте Абукир?