Единого мнения по этому вопросу нет, но большинство ученых и исследователей на этот вопрос отвечают так, что сама впадина образовалась вследствие мощной тектонической активности, которая в буквальном смысле разорвала земную кору. Трещина начала расходится, а глубина, соответственно расти. Со временем, образовавшаяся на месте разлома впадина, заполнилась пресной водой.
Причиной тектонической активности, приведших к образованию Байкальской впадины, ученые называют воздействие на кору потоков расплавленного вещества мантии.
Образовавшаяся крупная линейная впадина в земной коре - рифт, протянулась на 1500 км, от озера Хубсугул в Моноголии до северной оконечности Байкала и дальше на север. На протяжении миллионов лет ландшафт и очертания озера менялись из-за сейсмической активности зоны, в итоге сформировав то очертание, которое мы видим теперь.